超声波清洗机用于医疗行业可以彻底清洗手术机械及手术附件的各种污渍，排出人工清洗不彻底的问题，所以国家卫生部公布《内镜清洗消毒技术操作规范》，在规范中规定：“内镜及附件用后应当立即清洗、消毒或灭菌…需在超声波清洗机内清洗5--10分钟。”和采用戊二醛、环氧乙烷浸泡消毒、灭菌。在《医疗机构口腔诊疗器械消毒技术操作规范》中规定：牙科器械“应当采用超声清洗”和采用环氧乙烷、戊二醛浸泡消毒、灭菌。
医用超声波清洗机适用范围：
      2槽以上医用超声波清洗机适用于：内窥镜手术器械（各种软式、硬式内镜及附件）、活检钳、切刀、高频电刀、碎石器、异物钳、细胞刷、导丝、造影导管和手术室手术器械高清洁度的高效率超声波清洗。
      单槽超声波清洗机特别适用于：口腔科，检验室，消毒中心，手术室等科室的手术器械，牙科手机，检验容器，玻璃片，试管，生化检验器皿，注射器，瓶类盘类容器等高清洁度的高效率超声波清洗